Elle a suivi un double cursus de piano et de flûte à bec : elle obtient un premier prix de piano au Conservatoire de Mons et est également diplômée avec la plus grande distinction en flûte à bec au Conservatoire Royal de Bruxelles dans la classe de Frédéric de Roos. Elle étudie une année à Amsterdam avec Walter Van Hauwe, avant de se diriger vers La Haye où elle obtient son Master of Music. Elle s’est produite avec la Pastorella avec qui elle enregistre les concerti grossi de Corelli, avec l’ensemble Les Muffati, l’ensemble More Maiorum, l’ensemble Alba Novella, l’ensemble Laterna Magica (enregistrement du CD Exercitium ainsi que du CD Opera Minima, Handel with care), l’ensemble Sirocco (enregistrement du CD Pedrini) et encore au sein de l’ensemble Apsara dans un répertoire de musique contemporaine.

Son intérêt pour les musiques extra européennes de traditions orales la conduit en Inde auprès du maître de flûte indienne, Harsh Wardhan, avec qui elle étudie le Bansuri (flûte indienne), à Paris auprès de Sozan Shiaki Karya pour la flûte Shakuhachi (flûte japonaise) ainsi qu’auprès de François Picard pour le Xiao ( flûte chinoise).

Elle est lauréate 2007 de la fondation belge pour la Vocation ainsi que le Concours International Bonporti avec l’ensemble SCIROCCO.

Nathalie Houtman est assistante de Frédéric de Roos au Conservatoire Royal de Bruxelles.

Son intérêt pour le son, la danse, la voix et leurs fonctions thérapeutiques l’amène à suivre les formations Peter Hess, Benezon, Tama-do.